蘑菇渣可以当成肥料使用，但是要经过发酵。菌棒中，主要原料是棉籽壳、木屑、稻草等植物秸秆，主要成分是纤维素、半纤维素、木质素和果胶质等高分子物质，但是食用菌可以分泌酶，蘑菇渣，将其分解成小分子糖、酸、醇等。因此，在废料中含有丰富的粗蛋白、粗脂肪、氮浸出物，以及磷、钙、钾、硅等矿物质元素。
蘑菇渣可以当成肥料使用，有机肥原料蘑菇渣，但需要经过发酵处理。蘑菇的菌棒中，主要原料是棉籽壳，木屑，稻草等植物秸秆，其主要成分是难溶于水或不溶于水的纤维素、半纤维素、木质素和果胶质等高分子物质，但是食用菌可以分泌酶，将它们分解成可溶于水、能被食用菌细胞所吸收的小分子糖、酸、醇等。因此，在废料中会含有丰富的粗蛋白，粗脂肪，氮浸出物，以及磷，钙，钾，硅等矿物质元素。
食用菌生产者在蘑菇采收后，感到麻烦的是留下来的废料，既占在地方又污染环境。利用蘑菇渣和粗纤维降解菌通过发酵配制生物有机肥，既减少环境污染为食用菌生产者解决了麻烦，又可增加对生物资源的多层次利用，提高生态效益，实现废物循环利用和农业可持续发展。
蘑菇渣为主原料生产生物有机肥的方法，操作工艺简便快捷、所需条件简单，生产成本低，适合大规模普及推广应用。
蘑菇渣，酒渣、米糠等原料很便宜，蘑菇渣批发商，发酵时水分应该保持在50-70%，每周一次用铲车把原料移动到别的地方，也可以提高温度产生蒸气，整个过程温度至少要有三天达到65度以上，这样才能充分发酵，起到消灭害虫，病卵的作用。
蘑菇渣是栽培食用菌之后剩下的经过微生物分解的有机固体废弃物，含有多种菌体蛋白，代谢产物以及未被利用的矿物质。相比于现在常用的泥炭基质，批发蘑菇渣，蘑菇渣在生产上只需运输费和处理费，成本要低很多，在农业堆肥和栽培基质中都具有很大的应用前景。
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