微生物在农业中的作用已经逐渐被人们所认识。目前，许多国家生产、施用和推广微生物肥料。微生物肥料适用于多种经济作物、大田作物、果树蔬菜、种苗花卉、药材等。使用简单多样，可用作基肥或追肥。一些菜农认为菌肥不能与化肥混合，混合后高浓度的化学物质会灭菌肥料中的活性细菌，因此菌肥将失去其意义。事实上，没有必要担心这个问题。菌肥中的微生物有很强的生命力。除了不适合与碳酸氢铵等碱性肥料和等生理碱性肥料混合外，与其他肥料混合还有许多优点。
乳酸菌群(厌氧)以嗜酸乳棒菌(rodjun)为主，它通过摄取光合细菌酵母产生的糖类来形成乳酸。乳酸具有很强的杀菌能力，能有效抑制有害微生物的活性和有机物的急剧降解。它能分解在正常条件下难以分解的木质素和纤维素，微生物肥料加盟，并发酵分解有机物。它还具有抑制连作障碍的致病性扩散的作用，湖北微生物肥料，使有害线虫急剧减少，作物将迅速恢复生长。酵母(需氧)利用植物根产生的分泌物和光合细菌合成的氨基酸和碳水化合物来发挥发酵能力，合成促进根生长和细胞分裂的活性物质。当其他细菌繁殖时，它提供重要的营养支持，同时它也为动物单独提供不可或缺的营养。
复合微生物肥料施入土壤后，菌能释放类物质，有利于消除病原微生物。有益微生物在植物根部周围形成优势菌群，使得病原微生物难以繁殖。复杂的生物细菌可以诱导植物过氧化物酶、多酚氧化酶、葡聚糖酶等酶参与植物对有害微生物的防御反应。
复合微生物肥料施入土壤后，有益微生物在土壤中快速繁殖，产生多种对作物有益的代谢产物。这些代谢物可以刺激或调节作物生长，使作物健壮，达到增产的目的。不仅可以提供作物生长所需的NPK和中微量元素，还可以为作物提供有机质和有益微生物活性菌。
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