有机肥不宜与碱性肥料混用，以免造成氨的挥发，降低有机肥养分含量。有机肥含有较多的有机物，也不宜与硝态氮肥混用。
不要过量使用有机肥。过量使用有机肥会导致以下情况发生：烧苗、致使土壤中磷、钾等养分大量集聚，造成土壤养分不平衡；土壤中根离子集聚，致使作物根盐超标，土壤溶液浓度高，不利于根系吸水。
云南福欣瑞农业发展有限公司是一家集现代有机肥设备研发，有机肥发酵工艺设计、新产品自主研发、生产、销售，技术服务于一体的综合性废弃物开发再利用的新型农业技术企业。公司主要产品有生态有机肥、精制有机肥、微生物有机肥、基质肥、液态有机肥、颗粒有机肥等，欢迎来电咨询。
作物秸秆等有机废弃物由于可能含有较多的病菌、虫卵、草籽等，未经严格处理则会引起农作物病、虫、草害；也可能通过农作物传播一些对人类健康有损害的病原微生物。
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以东北黑土区为例，土壤有机质已由开垦时的8.10%%下降到2.3%%，从富含有机质的土壤转变为有机质贫瘠土壤，其他地区土壤有机质的状况则更为严重。
指出，化学肥料污染已成为当今世界一大公害，我国目前土壤资源现状迫切需要通过人为措施补充土壤有机质，生态有机肥报价，确保农业种植水平和农作物产品品质。
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