减少化肥的使用量和提高作物品质使用微生物肥料后对于提高农产品品质，如蛋白质、糖分、维生素等的含量上有一定作用，有的可以减少肖酸盐的积累。在有些情况下，品质的改善比产量提高好处更大。有机肥料有机肥料（manure）天然有机质经微生物分解或发酵而成的一类肥料。中国又称农家肥。其特点有：原料来源广，数量大；养分全，含量低；肥效迟而长，须经微生物分解转化后才能为植物所吸收；改土培肥效果好。常用的自然肥料品种有绿肥、人粪尿、厩肥、堆肥、沤肥、沼气肥和废弃物肥料等。
堆制方法，按原料的不同，分高温堆肥和普通堆肥。高温堆肥以纤维含量较高的植物物质为主要原料，在通气条件下堆制发酵，产生大量热量，堆内温度高（50～60℃），因而腐熟快，堆制快，精致生物有机肥生产厂家，养分含量高。高温发酵过程中能杀其中的病菌、虫卵和杂草种子。普通堆肥一般掺入较多泥土，发酵温度低，腐熟过程慢，堆制时间长。堆制中使养分化学组成改变，碳氮比值降低，能被植物直接吸收的矿质营养成分增多，并形成腐殖质。
中量元素肥料的生产在很长时间里，都不为人们所重视。原因是在一些常用的肥料品种中，特别是低浓度肥料品种中同时含有钙、镁或硫元素，大气中的SO2通过雨水进入土壤，精致生物有机肥厂商，也是硫元素的来源之一。近30多年来，化肥品种结构中高浓度肥料逐步代替了低浓度肥料，使带入土壤中的钙、镁和硫元素减少，一些土壤出现了短缺中量营养元素，特别是短缺硫元素的现象，从而使中量元素肥料的生产和使用得到重视。含钙、镁肥料石灰石粉、白云石粉、熟石灰、贝壳粉和其他含钙、镁的工业废料，广泛用作土壤调理剂和提供钙、镁营养元素。其土壤调理作用是：①改善土壤中磷肥的有效性。在含铁、铝氧化物高的土壤中，红河精致生物有机肥，由于磷酸盐与铁、铝化合物的反应，磷肥的有效性降低。施用钙、镁调理剂使土壤pH保持在6～7，可以阻缓上述反应进行。②有利于土壤中铵态氮转化为硝态氮的反应，多数硝化菌需要钙素。③促进生物固氮的过程。④调整作物对微量元素的吸收量，土壤pH保持在6～7时，微量营养元素对作物保持一定的有效性。⑤改良土壤的物理性质，主要是改善土壤的粒度分布
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