刚腐熟好的生物有机肥，水份一般在40%-50%左右，可直接在田地作基肥或追肥使用了。如果要继续将它们加工成粉状生物有机肥，可将生物有机肥摊开，阿维菌素型生物有机菌肥菌剂，继续晾晒1-2天，将水份降到30%左右；如果要生产颗粒状生物有机肥，继续晾晒2-3天，将水份降到25%左右。
要将生物有机肥继续加工，需将一些杂质筛除掉。可选用振动筛进行过筛。生产粉状生物有机肥可选用6-8毫米的筛孔过筛，过秤包装就可以了。
在过筛后需要造粒的有机肥堆上采用五点取样法，从五个不同部位，每次取200克左右、总量为一千克左右的样品进行检验，符合产品标准，就可以进入下一道工序进行造粒。
生物有机肥合格标准是 （下面表格读的方法如：有效活菌数大于、等于每克1亿，颗粒大于、等于每克0.20亿）：
项 目 剂 型颗 粒有效活菌数(cfu)，亿/g≥1亿0.2亿有机质（以干基计），%≥40.040.0水分，%≤30.020.0pH值5.5~8.55.5~8.5粪大肠菌群数，个/g≤100蛔虫卵死率，%≥95有效期，月≥6
将检验合格的有机肥运送到造粒车间，按照操作工艺进行造粒。
首先开启电源启动搅拌机，倒入有机肥，搅拌2-3分钟，搅拌均匀了的生物有机肥，通过传送带送入造粒机。造粒后通过传送带送至漏斗，刚造粒完的生物有机肥温度较高，在漏斗出料口的小车接料后，拉至室内空地摊开，散发热量到室温。造粒后的生物有机肥要再次进行检验，符合出厂标准，才可进行装袋、过称、封口。
生物有机肥
天然矿物质肥，包括钾矿粉、磷矿粉、氯化钙、天然硫酸钾镁肥等没有经过化学加工的天然物质。此类产品要通过有机认证，并严格按照有机标准生产才可用于有机农业。
饼肥：菜籽饼、棉籽饼、豆饼、芝麻饼、蓖麻饼、茶籽饼等。
泥肥：未经污染的河泥、塘泥、沟泥、港泥、湖泥等。
狭义
专指以各种动物废弃物（包括动物粪便；动物加工废弃物）和植物残体（饼肥类；作物秸秆；落叶；枯枝；草炭等），采用物理、化学、生物或三者兼有的处理技术，经过一定的加工工艺（包括但不限于堆制；高温；厌氧等），消除其中的有害物质（病原菌、病虫卵害、杂草种籽等）达到无害化标准而形成的，符合国家相关标准（NY525-2012）及法规的一类肥料。
促进作物对土壤养分利用的菌肥：包括菌根菌等。
抗病及刺激作物生长的菌肥：包括抗生菌、增产菌等。
近年来，各类有关菌肥的研究多集中在固氮菌类、微生物拌种剂和复合菌类等方面，下面来简要介绍一下。
固氮菌类：指能在土壤或作物根际生活，并固定空气中氮气的微生物为jun种，用液体深层发酵而制成的huo体制品，天然生物有机菌肥菌剂，施入土壤后能提高作物吸收氮肥的能力。
微生物拌种剂：此类菌肥以草炭作为吸附剂，生物有机菌肥菌剂，表面吸附菌肥，在播种或定植前浸泡种子或根部有较好的效果，其原因是菌肥内的微生物提高植物根部吸收营养元素的能力，可使作物增产，并减少部分土传病害的发生。
复合生物菌肥：除了含有活性微生物外，还含有多种营养物质。有的是有机营养物质和微生物复混配的；有的则是有机物营养物质、无机营养物质和微生物混配的，可提高作物的产量、品质、抗病性，底施生物有机菌肥菌剂，改良土壤理化性质，维持环境平衡。
生物菌肥主要作用
1、提高土壤肥力：有些菌剂可以增加土壤中氮磷钾营养元素的含量；还可以提高一些土壤酶类活性，有利于土壤中养分的转化方便植物的吸收利用。另外，在菌肥的帮助下会产生大量的二氧化碳，可提高土壤保水、保肥能力。
2、促进难溶的矿质营养释放：生物菌肥使土壤酶活性提高，使不溶性土壤养分溶解利于植物吸收。同时，还分泌一些有机酸性物质，能分解有机质，产生的糖有利于固氮细菌的生长。
3、帮助农作物吸收养分：如根瘤菌可刺激豆科植物的根部形成根瘤，使土壤中的氮转化为作物能吸收的氮肥。
4、增强植物抗病(虫)能力：生物菌肥中的微生物在土壤中能分泌抗生、杀虫剂及植物生长素。抗生及杀虫剂能杀灭植物病害及害虫的虫卵，植物生长素促进叶绿素含量升高，提高植物光合作用的能力。此外，还可促进植物产生大量的POD、SOD、CAT等酶类，以维持细胞膜的稳定性，提高植物防御能力。
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