随着反渗透技术在水处理领域的广泛应用，反渗透膜在运行中污堵问题也越来越受重视，我们知道反渗透系统的关键部分是膜元件，保证反渗透系统正常运行的关键是保持膜及表面的干净，任何物质在膜表面的沉积都会堵塞膜，进而降低出水量和质量，要维持工厂的生产，就必须对膜元件进行清洗以去除污堵物，而膜的频繁清洗同样会对膜元件造成损害，缩短其使用寿命。
在严重污堵的情况下只能采用更换新膜的方法来维持生产运行，这些都是生产企业不希望发生的事情。所以，在任何情况下，预防要比处理好。
原水进入反渗透膜系统后水中无机盐不断浓缩，浓度不断升高，当部分无机盐浓度浓缩到超过其溶度积后，无机盐将会开始从水中析出并在反渗透膜面上结垢沉积，造成反渗透膜的污堵。而通过投加阻垢剂后将会提高无机盐在水中的溶解度，延缓无机盐的结晶析出的过程，分散无机盐已析出晶体，减少结垢沉积的发生机率。
反渗透膜的阻垢原理主要有三种：溶限效应（络合增溶）、晶格歪曲机理、分散作用（静电斥力）。不同的阻垢剂选用不同化学物质组分进行复配，可以同时具备其中的一种或几种阻垢机理，达到协同效应，有效控制RO系统浓水侧的结垢问题。阻垢剂生产商会通过原水水质分析和对水质结垢趋势的计算，选择适合控制该水质结垢特点的阻垢剂，达到全面有效的阻垢目的。
反渗透装置所采用的膜是一种实用而经济的商品化膜，但它的缺点是抗微生物侵蚀能力差，长时间使用会致使微生物大量增长，分泌的粘液粘附在膜面上时压差增大，后堵塞通道，造成水通量下降，一旦微生物进入反渗透系统，极易在膜面滋生，并分泌粘液黏附水中的胶体悬浮物、无机垢粒，形成微生物黏膜层。一旦形成黏膜层，仅仅依靠提高水流速度是无法有效去除。
使用化学清洗后可以暂时恢复膜的压差，但进水一段时间后，微生物又重新繁殖起来，压差就又上升了。膜面一旦发生微生物污染，生物污染可在整个反渗透膜中形成。
每天详细记录反渗透系统运行指标，具体包括：进水流量、进水电导率、进水压力、产水流量、产水电导率、浓水流量、段间压差等数据，并与初始运行的标准化数据对比，以方便及时发现并找出问题的根源，避免不正常运行对RO膜造成损坏。