不管黄瓜专用有机肥的历史如何，微生物制剂仍继续向前发展。自20世纪80年开始，人们以极大的精力关注着用于环境和农作物的生物肥料，其原因是这类产品能有效地解决存在的一些问题，特别是无公害和消除环境的污染。因此，要研制出一种既具有肥料功能，又具有消除环境污染的能力，就十分困难。其难点在于：一种微生物具有提供植物营养功能，但不一定能具有分解污染的能力（即分解物质的基因）。要实行基因转移十分困难，还要巨大的投资。
黄瓜专用有机肥无害化处理的堆、沤方法也很多，如EM堆腐法、自制发酵催熟堆腐法和工厂化无害化处理等。EM是一种好氧和厌氧有效微生物群，主要由光合细菌、酵母菌和乳酸菌等组成，在农业和环保上有广泛的用途。它具有除臭、杀虫、杀菌、净化环境和促进植物生长等多种功能。用它处理人、畜粪便作堆肥，可以起到无害化作用。其具体方法如下：
（1）购买EM原液。然后，按清水100毫升和蜜糖或红糖20--40克、M酪100毫升、烧酒（含酒精30%～35%）100毫升和EM原液50毫升的配方，配制成备用液。
（2）将人、畜粪便风干至含水量为30%~40%。
（3）取稻草、玉米秆和青草等，切成长1、5厘米的碎料。加少量米糠拌和均匀，作堆肥时的膨松物。
黄瓜专用有机肥发酵催熟粉的制备。准备好所需原料：米糠、油饼、豆粕、糖类、泥类或黑炭粉或沸石粉和酵母粉。按米糠14.5%、油饼14.0%、豆粕13.0%、糖类8.0%、水50.0%和酵母粉0.5%的比例配方，先将糖类加于水中，搅拌溶解后，加入米糠、油饼和豆粕，经充分搅拌混合后堆放，在60摄氏度以上的温度下发酵30~50天。然后用黑炭粉或沸石粉按1：1重量的比例，进行掺和稀释，仔细搅拌均匀即成。