一般有机肥大多作为基施，有机肥富含有机质，农用微生物菌剂的作用，是改良土壤和增加土壤肥力的物质之一。因为它的肥效长，肥效慢，要想有机肥达到预期的效果，在使用前必须经过充分的腐熟，如果在后期追施，效果不如复合肥明显，微生物菌肥好与有机肥同时使用，有机肥是微生物菌肥好的搭配伙伴，和有机肥一起施入土壤后，经过大量的繁殖，可以起到以有益菌抑制有害菌的效果。微生物菌肥也可以单独使用或定植前后使用，但是不可以和化肥混合使用。
另外在一块田地的土壤当中，要想把握住怎样确定是否应该使用哪种肥料，临汾微生物菌剂的作用，好还是应该经过测土化验，了解土壤中所含有的各种营养元素。做到有的放矢，才能发挥肥料的利用率大化。
微生物菌肥，农作物的根系生长，离不开有益微生物的刺激。土壤中有益微生物的数量越多，活跃性越高，对农作物的根系生长越有利。因为土壤中的有益微生物能分解和释放养分，促进腐植质的形成，有利于对土壤中氮素的固定，有益微生物能直接参与土壤肥力的形成，但是在我们耕作的农田里，有益微生物的数量有，但是不多，因此我们应合理的人工补充。微生物菌肥与其他肥料不同，微生物肥料对光敏感，如果长时间在太阳光底下直射，就会杀四其中的有益菌，如果与部分农要混合使用，也有可能降低减肥的效果。菌肥如果发挥大的效果，护根微生物菌剂的作用，在有机质丰富的土壤里菌肥更能发挥其肥效。
菌剂是农用微生物菌剂的简称，对应的标准是《农用微生物菌剂》（即微生物接种剂）（GB20287-2006），是指1种或1种以上的目标微生物经工业化生产扩繁后直接使用或仅与利于该培养物存活的载体吸附所形成的体制品，改良土壤用微生物菌剂的作用，它是菌肥大类的其中一种。
菌肥是老百姓和部分经销商对微生物肥料的简称，是指目标微生物经工业化生产扩繁后与营养物质等复合而成的、含有该培养物体的制品，它在单位面积上的用量较大，目前可分为复合微生物肥料、生物有机肥和农用微生物菌剂，即涵盖菌剂。
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