此外，鸡粪偏酸性，会加剧土壤酸化，鸡粪有机肥招商，导致作物病害。相较于猪粪、牛粪等畜禽粪便，鸡粪中的扛生素和重金属含量往往较高。
“扛生素主要来源于饲料。由于鸡的养殖密度大，防疫要求高，在畜禽中扛生素使用量相对较大，加之鸡的消化道短，很少数养殖场在饲料中添加的扛生素，更容易通过粪便排出。
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5 .土壤缺氧有机质在分解过程中消耗土壤中的氧气，使土壤暂时性的处于缺氧状态，鸡粪有机肥，会使作物生长受到抑制。
6 .肥效缓慢未发酵腐熟的鸡粪中，养分多为有机态或缓效态，不能被作物直接吸收利用，只有分解转化成有效态，才能被作物吸收利用。所以未发酵直接施用使肥效减慢。
鹏程生物生产及销售生物有机肥、精制有机肥、颗粒有机肥、鸡粪有机肥、有机无机复混肥、叶面肥、水溶肥等产品.
复杂一点的的鸡粪有机肥生产工艺流程为：有机肥原料（动物粪便、生活垃圾、枯枝烂叶、沼渣、废弃菌等）发酵后进入半湿物料粉碎机进行粉碎，鸡粪有机肥销售，然后加入氮磷钾等元素（纯氮、P2O5、KCL、氯化铵等）使所含矿物元素达到有机肥执行标准，然后由搅拌机进行搅拌，再进入造粒机制颗粒，出来后烘干，通过筛分机筛分，合格产品进行包装，不合格的返回造粒机进行造粒。
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