在发酵物料的后处理方面，大多数企业加入功能菌进行复配、定形，生物菌肥多少钱，产品剂型以粉尘为主，生物菌肥代理，但也有采用滚筒造粒或挤压造粒的。颗粒产品克服了粉的剂产品外观差、层次低的缺点，提高了产品的商品性，但同时也提高了企业的生产成本，并对有效菌的存活产生了一定影响。由于生物有机肥相比普通有机肥生产成本较高，主要应用在蔬菜、水果、中草药等高附加值的经济作物上，并取得了较好的效果。
有机肥：主要来源于植物和（或）动物，生物菌肥生产厂家，施于土壤以提供植物营养为其主要功用的含碳物料。生物有机肥：是指特定功用微生物与主要以动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源并经无害化处置、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。特性不同、有机肥：经生物物质、动植物废弃物、植物残体加工而来，消弭了其中的有毒有害物质，富含大量有益物质。包括：多种有机酸、肽类以及包括氮、磷、钾在内的丰厚的营养元素。不只能为农作物提供营养，而且肥效长。
果园施用生物有机肥后显着提高了果实可溶性固形物，苹果由14.1%提高到15.6%，李子由10.6%提高到12.2%，桃由10.1%提高到11.3%，葡萄由15.1%提高到16.6%；苹果的硬度由8.1提高到8.9，桃的硬度由9.1提高到11.1；苹果糖酸比由19.6提高到28.2，生物菌肥，葡萄糖酸比由17.8提高到26.1。在桃树上喷施生物有机肥后，果实可溶性固形物提高了5.7-10.9%，果实风味和品质有所改善。
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